Ujian di PTA dibagi menjadi 2 bagian:
- Ujian Mid Semester
- Ujian Semester
A. Ujian Mid Semester
Ujian ini dilaksanakan disetiap pertengahan semester, baik semester satu atau dua. Teknis pelaksanaannya sama dengan pelaksanaan ujian semester yaitu terjadwal setiap hari selama 8 hari dengan diawasi oleh pengawas.
B. Ujian Semester
Ujian semester dibagi menjadi dua bagian, yaitu:
- Ujian Lisan
Ujian Lisan atau Oral Exam berlangsung selama 6 hari dengan materi ujiannya sebanyak 4 materi:
- Bahasa Arab (Muhadatsah, Muthalaah, Nahwu, Sharf, Mahfudhat, Mufradat, Imla’)
- Bahasa Inggris (Conversation, Reading, Grammar, Vocabulary, Dictation)
- Al Quran (Qira’ah, Tajwid, Praktik Ibadah, Doa-doa)
- Sains (Matematika, Fisika, Kimia, Biologi)
2. Ujian Tulis
Ujian Tulis berlangsung kurang lebih 8 hingga 9 hari dengan materi seluruh mata pelajaran yang diajarkan sesuai kelas yang ada.
Praktik dalam pelaksanaan ujian di PTA tidak hanya sekedar mengukur kemampuan akademik semata, dalam artian yang diuji dari siswa tidak hanya akademiknya saja, melainkan juga mental dan spiritualnya juga diuji saat Ujian tulis ini berlangsung. Artinya, kejujuran, kesabaran dan keihklasan para santri juga diuji. Jujur dalam artian tidak curang, bekerjasama dan menyontek. Para santri harus percaya terhadap kemampuan diri sendiri. Dalam menjalani ujian yang termasuk kategori lumayan berat ini, maka kesabaranlah kata kuncinya. Terkait dengan usaha yang sudah dilakukan seperti: belajar, menjawab ujian hingga menerima hasilnya nanti mesti ikhlas menerima semua yang telah didapat.
semboyan PTA terkait ujian adalah: “Ujian untuk belajar bukan belajar untuk ujian”.