Sejak Tahun ketiga yakni Tahun Pelajaran 2017-2018, kelas di PTA dibagi menjadi dua kategori, yaitu:
- Kelas Reguler
- Kelas Tahfidh
Hal ini mengingat banyaknya potensi dan bakat yang dimiliki oleh para santri dalam bidang tahfidh al Quran, sekaligus Tahfidh merupakan salah satu program unggulan yang ada di PTA. Namun demikian, program tahfidh bagi kelas biasa tetap berjalan seperti biasa, hanya saja kelas khusus tahfidh ini memiliki porsi dan tambahan waktu lebih daripada kelas biasa mengingat target yang berbeda diantara keduanya. Kelas reguler satu juz setiap tahunnya, sementara kelat tahfidh 6 juz dalam satu tahun. Sehingga dalam tempo 6 tahun kelas tahfidh diharapkan bisa khatam hafalannya. Sedangkan kelas biasa hanya 6 juz dalam tempo 6 tahun.
NB: Kelas Tahfidh dimulai dari kelas dua. Sedangkan kelas satu tidak ada kelas tahfidh.