Pesantren Terpadu Almuslim menjadwalkan kembalinya santri ke pesantren dalam rangka menyambut tahun ajaran baru 2020-2021 dengan tiga tahapan. Tahap pertama seluruh santri tingkat Aliyah yakni kelas 4, 5, dan 6 pada Jumat 03 Juli 2020, tahap kedua seluruh santri tingkat Tsanawiyah (kelas 2 dan 3) pada Sabtu 2020. Sementara khusus santri baru dijadwalkan pada Ahad 12 Juli 2020.
Kehadiran seluruh santri yang berasal dari Aceh dan luar aceh ini dengan mengikuti protokol kesehatan covid-19 dimana jauh sebelum kehadiran para santri pihak pesantren dalam hal ini yayasan telah berupaya melengkapi persyaratan-persyaratan penunjang protokol kesehatan tersebut, seperti pemasangan 10 wastafel lengkap dengan cairan pembersihnya di titik-titik tertentu, pengadaan masker, hand sanitizer dan thermo gun.
Tim medis dari bagian kesehatan pesantren yang berjumlah 6 orang dengan dibantu oleh beberapa ustadz dan ustadzah turut serta dalam penyambutan santri dan walinya. Untuk mengurangi mobilisasi dan kerumunan didalam pesantren, diberlakukan larangan masuk kepada wali santri ke dalam area pesantren.
Sebuah ikhtiar pesantren mendatangkan kembali para santri-santrinya setelah 3 bulan lamanya proses pembelajaran dan pendidikan terkendala meski sempat dilakukan pembelajaran jarak jauh dengan sistem daring, harapannya agar para santri dan guru serta semua staff yang ada mendapatkan perlindungan kesehatan dan keamanan dari Allah sehingga program pendidikan bisa berjalan lancar tanpa hambatan.
